在主系列遊戲中,幾乎每一個世代都會有新發現的化石pokemon,除了第二世代和第七世代。
在第一世代中有菊石獸、化石盔和化石翼龍被認為是幾萬年前滅絕的寶可夢,其生態一切都是謎,至今仍然有人認為牠們可能活在某些地方,可是尚未有人發現活著的寶可夢。
菊石獸是從古代化石中復活而來。靠著殼裡儲存的空氣在水中沉浮。很久以前生活在海裡的古代寶可夢。靠扭動10隻腳來游動,熟練彎曲10隻腳在海中暢遊的遠古寶可夢。受到敵人襲擊時會躲進堅硬的殼裡。本是已經滅絕的寶可夢,但由於偶然間發現的化石,因此得以復活。復原自能夠靈活地扭動10隻腳在古代海上漂浮的寶可夢的化石。
化石盔是從海洋的地層中發現的化石古代生物的化石中重生的寶可夢。似乎會躲在海底,用背上的眼睛來觀察四周。在偶然中被發現的保持隱藏在海底的樣子而變成化石的東西。3億年前隱藏在海底,背上也有閃著光的眼睛的寶可夢。
化石翼龍從殘留在琥珀中的恐龍基因復活而來。據說是會一邊高亢地大叫,似乎能張開雙翼如滑翔般飛過天空。會一邊高聲鳴叫一邊飛行。因為擁有銳利的鋸子般形狀的牙齒,將對手的喉嚨咬斷,而被確認為是很兇暴的古代肉食性寶可夢。想像中牠是利用銳利的爪子來捕獲獵物的。透過研究取自琥珀中的基因而誕生,是生存在遠古時代的凶猛寶可夢。在遠古的天空中自由自在地到處飛行,不知何為恐怖的寶可夢。
第三世代中有觸手百合和太古羽蟲。
觸手百合是在1億年前就已經絕種的寶可夢。會吸附在海底的岩石上,會用2隻眼睛凝視四周,尋找獵物,會搖晃觸手讓人乍看以為是海草,再將被騙而接近的獵物用花瓣般的觸手捕捉接近自己的獵物一口吞下去。從化石裡得到重生的古代寶可夢。因為吸附在岩石上而無法走動。
太古羽蟲據說是寶可夢祖先的一種。是從遠古化石裡甦醒的寶可夢。棲息在溫暖的海裡,會扭動體側的左右8片羽毛翅膀的方式在遠古的海裡游動。居住在海裡的時候腳變成了羽毛。會用發達的能伸縮的2隻爪子緊緊獵捕躲在海底岩堆中的獵物。
第四世代中有頭蓋龍和盾甲龍
頭蓋龍生活在大約一億年前的古代叢林中出生長大,有著鐵一樣堅硬的頭蓋骨。會用頭錘把擋路的樹木撞斷。從鐵球般的化石中復活的古代寶可夢。會用頭錘來解決獵物。頭蓋龍靠撞擊同伴的頭能進一步鍛鍊結實的腦袋。
盾甲龍生活在大約一億年前的密林中的寶可夢,臉部的皮膚非常的堅硬。 有著摩擦大樹的樹幹,藉此打磨堅硬臉孔的習性。不擅長應付來自後方的攻擊。有著絕佳的防禦力,因此吃草和樹果的時候不需要特別爭鬥。
第五世代中有原蓋海龜和始祖小鳥
原蓋海龜在距今約1億年的海裡暢泳從古代的化石裡復活的寶可夢。根據對其骨骼的調查結果,能夠借助熟練的游泳能力下潛到1000米深處。有時候會爬到陸地上襲擊獵物。因此從1000公尺深的深海一直到陸地上的廣大範圍都曾經是牠的獵場。
始祖小鳥據說是鳥寶可夢的祖先。棲息在樹上,似乎不會飛行,但聽說會從高高的樹上滑翔捕捉獵物,似乎過著可以不用飛行就在樹枝之間跳來跳去。從化石裡復活的寶可夢。一直以來被認為是所有鳥寶可夢的祖先,但最近也有研究指出事實並非如此。
第六世代中有寶寶暴龍和冰雪龍
寶寶暴龍棲息在1億年前的世界。從化石裡復活的寶可夢。遇到不高興的事就會神經過敏地大鬧一番。大顎的破壞力可以卡滋卡滋地咬壞汽車。大顎有著非常驚人的破壞力。也有一種說法是,即使將牠復原,也無法重現牠原本的樣子。愛撒嬌又任性。有時候即使寶寶暴龍只是想鬧著玩,對手也會受到重創。
冰雪龍從1億年前陷入冰封狀態的身體的一部分復活而來的古代寶可夢。性格溫和的寶可夢。住在沒有怪顎龍等凶暴敵人棲息的寒冷土地上。據說當冰雪龍發出鳴叫時,夜空中就會出現極光。雖然從化石中復原成功,但因為現代的環境太熱了,被認為無法長久生存。
第八世代中有雷鳥龍、雷鳥海獸、鰓魚龍和鰓魚海獸
雷鳥龍在遠古時代曾憑藉自己強大的下半身而所向無敵,會用尾部結實的肌肉發電。與下半身相比,上半身真的太小了,但因吃光了賴以為生的植物而滅絕了。
雷鳥海獸曾經生活在古代的海邊,能用身體的冰來保存食物,牠凍成冰的上半身在顫抖時可以產生電能。非常不擅長走路。由於動作太遲緩而滅絕了。
鰓魚龍超乎尋常的腳力和顎力讓牠在古代所向無敵。雖然能用自豪的腳力以60公里的時速奔跑,但是只能在水中呼吸。但由於捕盡獵物,導致牠們自己也滅絕了。
鰓魚海獸雖然能透過凍結四周來捕捉獵物,但由於嘴長在頭頂上,所以吃起東西來不太方便。面部的皮膚無論受到什麼攻擊都不會受傷,但由於呼吸起來不方便而滅絕了。